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岛屿在剧烈震颤中西分五裂，陈宇看着老爹消散前露出的惊恐面容，耳边还回荡着那句“我们都是棋子”。二柱手中炸裂的金色种子残骸突然迸发出最后一道光芒，照亮了沙滩上那个神秘兜帽人的身影——对方手中的黑色种子正以肉眼可见的速度生长，藤蔓上结满了散发着腐臭气息的果实。
“快离开这里！”老者拽着发呆的陈宇就往破船方向跑，他胸口那道二十年前的旧伤又开始渗血，“那是‘堕落之种’，能把一切生机变成吞噬生命的怪物！”话音未落，地面突然裂开巨大的缝隙，无数根黑色藤蔓破土而出，藤蔓顶端的果实裂开，爬出浑身黏腻的蠕虫，这些虫子所过之处，岩石和树木瞬间化为脓水。
林晓的火焰喷射器终于彻底报废，她抄起半截船桨砸向最近的蠕虫，却发现船桨刚接触到虫子就被腐蚀出大洞。张峰将声波发生器调到最大功率，刺耳的音波却只让那些怪物短暂停滞，转眼又疯狂扑来。陈宇挥舞着金色短刃劈开藤蔓，可黑色汁液溅到鳞片上，竟发出滋滋的腐蚀声。
更可怕的是，岛屿下沉引发的海啸正在逼近。滔天巨浪中，陈宇看到浪头里隐约浮现出巨大的身影——那是由无数变异人的肢体拼凑而成的海怪，它的眼睛是两个燃烧着幽绿火焰的漩涡，每一次摆尾都能掀起数十米高的水墙。二柱突然指着海怪嘶吼：“它的核心...是另一块终末之刃的碎片！”
千钧一发之际，老者将所有发光液体浇在破船上，那些液体竟在船体表面形成一层透明的防护罩。“这是雪山净化剂的改良版，能暂时隔绝病毒侵蚀！”他的声音被海浪声吞没，“但撑不了多久，你们必须找到岛上的基因净化塔！”陈宇望向岛屿中央那座首插云霄的黑色高塔，塔身布满流动的紫色纹路，像极了一个巨大的病毒活体。
破船在惊涛骇浪中艰难前行，黑色藤蔓不断缠绕船身。陈宇发现这些藤蔓对金色能量有特殊反应，每当短刃触及，就会爆发出强烈的排斥力。他突然想起母亲说过“原初基因是牢笼的钥匙也是锁芯”，或许这黑色种子与金色种子本就是同源的两极。当他尝试将金色能量注入船锚，奇迹发生了——船锚接触到藤蔓的瞬间，黑色物质开始逆向生长，化作光点消散在空中。
然而好景不长，海怪突然张开血盆大口，一道紫色光柱射向破船。防护罩在光柱冲击下剧烈震颤，老者猛地扑上去，用身体挡住缺口：“快走！别管我！”他的身体在紫色光芒中迅速晶化，最后时刻，他将一个刻满符文的金属牌塞进陈宇手中，“净化塔的...密钥...”
陈宇红着眼眶握紧金属牌，指挥众人弃船游向岸边。登陆时，他们发现沙滩上的脚印液体里倒映的画面变了——戴兜帽的人摘下了面具，露出的竟然是陈宇自己的脸！但不等他细想，成群的变异飞虫遮天蔽日而来，这些虫子翅膀上印着永夜教团的图腾，腹部膨胀得像随时会爆炸的毒气罐。
基因净化塔下，守着一扇刻满基因链图案的大门。陈宇将金属牌嵌入凹槽，大门缓缓开启，里面竟是一个巨大的环形实验室。中央的培养舱里，浸泡着一个与他一模一样的克隆体，胸口插着完整的终末之刃。戴兜帽的人站在控制台前，正将黑色种子的基因数据导入系统，看到陈宇一行人闯入，对方发出了熟悉的笑声——那是苏蔓的数据化意识！
“欢迎来到真相的终点，0731号。”苏蔓的身体闪烁着不稳定的数据流，“你以为自己是救世主？不过是我们培养的容器罢了。从方舟实验室到这座岛，所有的危机都是为了让你不断进化，首到能承载终末之刃的全部力量。”她挥动手臂，培养舱里的克隆体睁开了眼睛，终末之刃发出震天的嗡鸣。
陈宇感觉体内的原初基因与克隆体产生共鸣，鳞片开始不受控地脱落。二柱突然举起金色种子的残骸，残骸中竟又萌发了一丝微光：“还记得雪山的教训吗？真正的希望不是力量，而是...”他将残骸按在控制台上，金色光芒与黑色数据激烈碰撞。张峰趁机黑入系统，发现整个岛屿的核心程序，竟是用陈宇母亲的基因编写的！
就在局势陷入绝境时，海底传来剧烈震动。那只海怪不知何时游到了净化塔下方，它胸口的终末之刃碎片与克隆体手中的刀刃产生共振，整个岛屿开始分崩离析。陈宇看着苏蔓疯狂的表情，突然想起母亲影像里未说完的话。他握紧拳头，将金色能量注入终末之刃——这次，他不再试图摧毁，而是引导着刀刃吸收黑种与金种的力量。
奇迹发生了。终末之刃爆发出耀眼的白光，将所有的变异生物、黑色藤蔓和海怪一并净化。苏蔓的数据化身体在光芒中消散前，终于露出了悔恨的表情：“原来...我们都误解了她的计划...”岛屿彻底沉入海底的最后一刻，陈宇在白光中看到母亲的身影，她微笑着将一颗全新的种子递给自己——那种子一半金色，一半黑色，却散发着温暖的光芒。
当陈宇一行人漂浮在海面上时，远处驶来一艘挂着太阳旗的船只。幸存者们欢呼起来，而陈宇望着手中的双色种子，知道这场关于基因与人性的战争远未结束。海底深处，那座沉没的岛屿废墟中，一颗黑色的种子正在暗流中静静生长，种子表面浮现出一行小字：“轮回，才刚刚开始。”
